Die Schallprobleme durch das Lüftungsgerät selbst und durch die "Telefonie" von Raum zu Raum sind heute gut lösbar (siehe Planung von Lüftungsanlagen). Problematisch kann allerdings die Schallübertragung durch die Überströmöffnungen sein. Wenn nämlich nicht in jeden Raum ein Zu- und ein Abluftrohr geführt werden soll (Kostenreduktion, einfachere Installation), so müssen Bereich definiert werden, in denen die Luft zuströmt (Wohnzimmer, Schlafzimmer,...) und Bereiche, in denen die Luft abgesaugt wird (Küche, WC, Bad,...). Dazwischen liegen Überströmbereiche (z.B. Vorraum). Die Luft muss durch diese Bereiche möglichst ungehindert strömen können. Dies wird durch Überströmöffnungen (z.B. etwas verkürzte Türblätter) ermöglicht. Diese verlieren dann aber natürlich etwas an Schalldämmung.
Lüftungsanlagen werden so ausgelegt, dass bei normaler Benutzung ein hygienisch sinnvoller Luftwechsel entsteht. Wenn allerdings niemand im Haus ist (und damit auch weniger Feuchtigkeit produziert wird), so kann der eingestellte Luftwechsel zu hoch sein und die Luft zu stark austrocknen. Eine sinnvolle und einfache Abhilfe ist das Zurückschalten des Lüftungsgeräts auf eine kleinere Stufe beim Verlassen des Hauses.
Da im Haus ein leichter Unterdruck herrscht, ist der Betrieb von Kachel- oder Schwedenöfen nicht unproblematisch (Rauchgase könnten ins Haus gezogen werden, wenn nicht ein raumluftunabhängiger Ofen verwendet wird). Verwenden Sie nur raumluftunabhängige Geräte!
Ohne ausreichende Dichtheit kann auch die beste Lüftungsanlage die erwarteten Anforderungen nicht erfüllen!
Je nach eingesetztem Filtermaterial muss in regelmäßigen Intervallen (ca. 4-8 Monate) ein Filtertausch vorgenommen werden. Die Filter sind aber je nach Qualität nicht immer ganz billig, und der Tausch ist je nach Lüftungsgerät auch nicht immer ganz einfach. Hier hilft nur gezieltes Nachfragen beim Hersteller.
Probleme mit Lüftungsanlagen können weitgehend vermieden werden, wenn eine seriöse und sensible Planung durchgeführt wird. Aus diesem Grund ist das Hinzuziehen eines erfahrenen Planers sehr zu empfehlen.